本体設定で、Main Out(Line Out1/2)と同じ信号を出力する設定になっていないかをご確認ください。
SETUPボタン - Optionsページ - Device Mode / DSDサブページの「Digital Out Source」(Dig. Out Source)の項目が、「Main Out」になっている場合は、Line Out1/2からの信号がデジタル出力端子にもミラーリングされます。
デジタル端子(AES/EBU、SPDIF)を個別に使用する場合、「Digital Out Source」の項目を「Default」にして使用します。