「AD Conversion」を「PCM」から「DSD」に変更すると、EQやTrim Gainなどがグレーアウトして操作できなくなるのはなぜですか？

これは正常な動作であり、DSDの規格上の制限で、デジタル処理を行うことができないことが理由です。
入力モード（AD Conversion）が、DSDになっている場合は、デジタル処理である「Trim Gain」などはグレーアウトし、使用不可となります。

なお、「Reference Level」（基準レベル）の設定はアナログ領域での処理になるため、DSD録音時でも問題なくご使用いただけます。