Line出力とヘッドフォン出力は同時に使えますか？

同時に使用可能ですが、設定に変更が必要です。

初期設定では、Phones3/4にヘッドフォンが接続されている場合にリア・パネルのLine出力はミュートされます。

SETUPボタン - Optionsページ - Phonesサブページ - 「Mute v. Ph 3/4」の項目が初期設定で「ON」になっているので、これを「OFF」にします。
以上の設定で、ヘッドフォンをPhones3/4に接続した状態でもリア・パネルのLine出力から音が出力されます。