Main Outの設定（ソース、レベル）はどのように行いますか？

Main Out（TRS端子）は、D-Sub出力（1〜32ch）とは異なるソースを選択することが可能です。

そのソースは、ヘッドフォン出力のRed端子と共有しているため、ヘッドフォンの設定画面でソースを選択してください。
レベルの調整もヘッドフォンRed端子と共有しているので、ヘッドフォン設定画面のRed端子を選択した状態でフロントパネルのノブを回します。