Fireface UFX IIIでMADIからProToolsに録音したいのですが全てのI/Oが利用できないのはなぜですか？

Pro Toolsソフトウェアには、サード・パーティーのインターフェイスで使用した場合に認識ができるI/O数に制限があります。
この場合、使用できるI/Oは先頭から対応するI/O数までのチャンネル（例えば32chなど）までとなります。Fireface UFX IIIでは「MADI 2ch」が32ch目にあたり、これ以降のI/OがPro Toolsのバージョンによっては利用できない場合があります。

現状では、TotalMix FXのLoopback機能を使用することで回避が可能です。Loopback機能の基本的な操作については下記ページで解説を掲載させて頂いておりますのでご参照ください。
http://synthax.jp/tutorials/articles/loopback-01.html

※Pro Tools 2021.6以降の環境にて、CoreAudioおよびASIOデバイスを使用した際の全てのサンプル・レートで最大64chのI/Oがサポートされました。

※64chを超える入出力を使用する際は、引き続き以下の操作をご参考ください。

参考手順）

例えば出力のAN 3/4chを使用していない場合は、下段のHardware Outputsの「AN 3/4」でツール（スパナ）ボタンを押して設定欄を開き、LoopbackをONにしてください。この出力へ割り当てられた信号が、インプットの3/4chへ割り当てられます。（※本来の入力3/4はOFFになりますがTotalMix FX内では利用できます。）

この状態で、Hardware OutputsのAN 3/4を選択してから上段のHardware Inputsの「MADI 3/4」のフェーダーを0.0dBへ上げてください。これでMADI 3/4入力の音がいったん出力のAN 3/4へ流れ、ループバックしてPro Toolsの入力の3/4ch（Fireface UFX+のAN 3/4）で録音できるようになります。

尚上記の手順では、TotalMix FXの右端の設定欄でROUTING MODEが「SUBMIX」になっていることをご確認ください。この設定ではFireface UFX+の出力にあたるミキサー下段のHardware Outputs、Control Roomのチャンネルをクリックして1ヶ所を選択できます。選択したチャンネルに対して、入力・再生の音を割り当てる操作になります。

同様のLoopback設定をすることで、空いている出力の数だけ32chを超えた分のインプットをPro Toolsへ受け渡すことが可能です。
例えばAN 1/2など、モニターに使用しているチャンネルではLoopbackを行わないでください。モニター用の信号が混ざり意図しないトラブルの原因になります。