96k Frameと48k Frameが選択できますが、どちらを選んだらよいでしょうか？

このモードは、サンプリングレートを96kHzに設定しているときのみ意味を成しますので、48kHzで使用している場合は、どちらのFrameが選ばれていても動作や音質には影響しません。サンプリングレートを96kHzに設定した時には、接続されているMADI機器から入力している信号が96k Frame/48k Frameのどちらなのかを確認して、それに合わせる必要があります。

なお、96k Frameは１チャンネルで96K信号を送るモードとなっており、対して48k Frameは２チャンネルを使って96kHzの信号を送るモードとなります。
入力信号が48k Frameモードの際に、受け側が96k Frameモードになっていると、音声信号が正しいチャンネルに表示されず、ダブルになったりランダムに表示されたりといった症状になります。

また、RME以外のMADI機器では、96k Frameモードのことを「Hi-Speed」と呼んだり、48k Frameモードを「SMUX」と呼ぶことがあります。